Der Käsekuchen stammt der Überlieferung nach ursprünglich aus Griechenland. Es gibt Aufzeichnungen, die besagen, dass er im Jahr 776 v. Chr. den Athleten bei den ersten Olympischen Spielen serviert wurde. Die Römer machten den aus Griechenland stammenden Käsekuchen in ganz Europa bekannt. Jahrhunderte später fand der Kuchen auch in Amerika Verbreitung.
In Amerika wurde das Rezept abgewandelt und es wurde Frischkäse für den Kuchen verwendet. Im 20. Jahrhundert schließlich wurde der klassische „New York Cheesecake“ erfunden.
Heute werden traditionelle Käsekuchen in der Backindustrie von vielen Firmen hergestellt. Eine modernere Produktvariante sind lockere, ungebackene Käsekuchen, die von Molkereiunternehmen hergestellt und in Gläsern als Einzelportionen im Handel angeboten werden.